Già alla fine degli anni ’60, gli osservatori protestanti del Concilio Vaticano II avevano proposto la creazione di un’istituzione ecumenica. La Facoltà Valdese di teologia ha accettato la proposta e ha portato avanti il progetto. Negli anni ’80, individui e istituzioni del mondo teologico-ecclesiale in Germania hanno anche esplorato l’idea di un’istituzione ecumenica, fino ai primi segni di passi concreti nel 1997.
Con l’approvazione del Sinodo Valdese-Metodista 2002 di Torre Pellice e del Sinodo Luterano 2002 di Assisi, il Centro è stato fondato nel 2002 – anche per la gioia della Chiesa Evangelica in Germania – dalla Facoltà Valdese, dalla Chiesa Evangelico-Luterana in Italia e dalla Congregazione Evangelico-Luterana di Roma.
Nel 2003 è stato fondato a Tubinga il “Freundeskreis Melanchthon Zentrum Rom e.V”. Supporta le attività del centro studi e offre una piattaforma per le persone interessate e gli ex alunni.
Dal 2007, il Centro Studi di Roma, con il nome di “Associazione Centro Filippo Melantone – Centro Protestante di Studi Ecumenici”, è un’associazione riconosciuta dalla legge italiana con sede a Roma.
Nel 2012 il primo volume della serie di libri “Roma e Protestantesimo”. Scritti del Centro Melantone di Roma”. Il libro riflette i contributi di un convegno internazionale nel 2009, che è stato seguito da altri convegni ampiamente acclamati – come “Martin Lutero a Roma” (2011).
https://www.centromelantone.org/wissenschaft/schriftenreihe/.
Nel 2012, il Centro ha celebrato il suo 10° anniversario.