Das Melanchthon Zentrum gibt eine wissenschaftliche Schriftenreihe heraus:
Die Reihe Rom und Protestantismus. Schriften des Melanchthon-Zentrums in Rom/Roma e il Protestantesimo. Scritti del Centro Melantone di Roma wird herausgegeben von Fulvio Ferrario und Martin Wallraff und gemeinsam publiziert von den Verlagen Mohr Siebeck GmbH & Co. KG (Tübingen) und Claudiana srl (Torino).
Bislang ist erschienen:
- Rombilder im deutschsprachigen Protestantismus. Begegnungen mit der Stadt im „langen 19. Jahrhundert“, Herausgegeben von Martin Wallraff, Michael Matheus und Jörg Lauster unter Mitarbeit von Florian Wöller, Tübingen 2011.
- Umstrittene Ökumene. Katholizismus und Protestantismus 50 Jahre nach dem Vatikanum II, Herausgegeben von Fulvio Ferrario unter Mitarbeit von Michael Jonas, Tübingen 2013